Mediante decisión del 24 de noviembre de 2004, el Tribunal Militar Segundo de Control, con sede en Caracas, de conformidad con el artículo 330 del Código Orgánico Procesal Penal inadmitió por extemporáneas las excepciones opuestas por el abogado Carlos Bastidas Espinoza, señaladas en el escrito consignado por éste el 22 de noviembre de 2004 y ratificadas oralmente en la audiencia preliminar. En la misma oportunidad admitió totalmente la acusación contra el Capitán (Ej) Javier Ignacio Quintero González, por la presunta comisión del delito de Rebelión Militar previsto en el ordinal 1° del artículo 476 y sancionado en el artículo 479 del Código Orgánico de Justicia Militar, para las personas comprendidas en el ordinal 1° del artículo 477 eiusdem, admitió las pruebas ofrecidas por el Ministerio Público Militar, mantuvo la medida privativa de libertad en contra del ciudadano Capitán (Ej) Javier Ignacio Quintero González y ordenó la apertura a juicio. De la misma manera, desaplicó por control difuso de constitucionalidad el numeral 5 del artículo 593 del Código Orgánico de Justicia Militar.

La Sala después de declararse competente para decidir, pasó a pronunciarse sobre el fondo del asunto y en tal sentido observó que el Tribunal Militar Segundo de Control admitió las pruebas ofrecidas por el Ministerio Público Militar, mantuvo la medida privativa de libertad en contra el Capitán (Ej) Javier Ignacio Quintero González y ordenó la apertura del juicio. De la misma manera, desaplicó por control difuso de constitucionalidad el numeral 5 del artículo 593 del Código Orgánico de Justicia Militar.

Advirtió además que la disposición contenida en el numeral 5 del artículo 593 del Código Orgánico de Justicia Militar resulta contraria al principio de autonomía del Poder Judicial, que le atribuyen los artículos 253, 254 y 261 de la Constitución de la República Bolivariana de Venezuela y el artículo 4 del COPP.

Así mismo en atención a la exclusividad y obligatoriedad de las decisiones judiciales, mediante la cual debe dejarse por fuera la atribución de funciones jurisdiccionales a órganos diferentes al jurisdiccional, el Tribunal Militar Segundo de Control de Caracas desaplicó en el presente caso por control difuso de la constitucionalidad, por lo que a los efectos del ejercicio de la revisión discrecional, se acordó informar a la Sala Constitucional del Tribunal Supremo de Justicia conforme lo establece la Constitución de la República Bolivariana de Venezuela y la Ley Orgánica del Tribunal Supremo de Justicia.

El juzgado militar fundamentó su decisión en el artículo 261 de la Constitución de la República Bolivariana de Venezuela el cual dispone que "La Jurisdicción Penal Militar es parte integrante del Poder Judicial, y sus jueces o juezas serán seleccionados o seleccionadas por concurso. Su ámbito de competencia, organización y modalidades de funcionamiento, se regirán por el sistema acusatorio y de acuerdo con lo previsto en el Código Orgánico de Justicia Militar".

La Sala del Supremo Tribunal además agregó que "el artículo 593.5 del Código Orgánico de Justicia Militar colide con las disposiciones de los artículos 49, 253, 254 y 261 de la Constitución de la República Bolivariana de Venezuela. Por ello se considera que la normas que deben ser aplicadas, son las del Código Orgánico Procesal Penal, las cuales establecen la plena autonomía y, por ende, la exclusiva competencia de los Jueces Militares de Control para decretar el sobreseimiento o la apertura a juicio, normas estas que resultan en plena conformidad con las antes citadas de la Constitución de la República Bolivariana de Venezuela".De la misma manera se destaca que las disposiciones contenidas en el Título Preliminar del Código Orgánico Procesal Penal -resultan igualmente aplicables al proceso penal militar; como norma supletorias, de acuerdo con el artículo 20 del Código Orgánico de Justicia Militar; y según el antes citado artículo 592 de la misma Ley.

Es por ello, que la Sala Constitucional declaró conforme a derecho la decisión dictada el 24 de noviembre de 2004, por el referido el Tribunal Militar Segundo de Control, con sede en Caracas, el cual decidió la desaplicación del numeral 5 del artículo 593 del Código Orgánico de Justicia Militar, el cual dispone que una vez admitida la acusación, el Juez de Control debe remitir copia de las actas procesales al Presidente de República Bolivariana de Venezuela para que resuelva sobre la continuación o no del proceso marcial y, como consecuencia de ello, admitió totalmente la acusación fiscal y ordenó la apertura del juicio oral y público al Capitán (EJ) Javier Ignacio Quintero González, y así se declaró.